مصباح یزدی در اشاره به اعتراضهای پس از انتخابات ریاست جمهوری در ایران گفت: «جریانات اخیر که در کشور رخ داد، ولایت فقیه را هدف قرار داده بود». به باور وی، «دشمنان میخواستند این رکن اساسی را حذف یا تضعیف و کمرنگ کنند».
به گفتهی مصباح یزدی، «ولایت فقیه دارای پرتویی از انوار امام زمان (عج) است و مردم نیز به دلیل این که او را جانشین به حق ولیعصر (عج) میدانند اطاعت از او را لازم میدانند». مصباح یزدی خاطر نشان ساخت که عموم مردم لزوم و اهمیت ولایت فقیه را درک میکنند و: «وقتی ریاستجمهوری حکم ولی فقیه را دریافت کرد، اطاعت از او نیز چون اطاعت از خداست».
روحانی حوزه علمیهی قم افزود: «قبل از انقلاب به دلیل جدایی دین از سیاست علما در این عرصه وارد نمیشدند. در حالی که دیانت عین سیاست است و این شعار از سوی شهید مدرس مطرح و توسط امام به آن جامهی عمل پوشانده شد».
این نخستین بار نیست که مصباح یزدی از احمدینژاد چنین آشکارا دفاع میکند. وی پیش از انتخابات تاکید کرده بود که: «این دولت در عمل شعارهای امام راحل و انقلاب اسلامی را احیا کرده است». روزنامهی «کارگزاران» در تاریخ ۱۰ فروردین ۱۳۸۸ این پیشبینی مصباح یزدی را منتشر کرده بود که: «مردمی که این همه خدمت صادقانه و تلاشهای شبانهروزی دکتر احمدینژاد و اعضای هیئت دولت را میبینند، به آسانی زیر بار هر کسی نخواهند رفت».
مصباح یزدی که از پشتیبانان سرسخت دولت احمدینژاد است، جزو آن دسته از روحانیون است که به مشروعیت مردمی حکومت اعتقادی ندارند. وی یکبار صریحا تاکید کرده بود که «مردمی که اختیار خود را ندارند چگونه میخواهند اختیار خلق خدا را به دست کسی بدهند؟».
مصباح یزدی در دفاع از حکومت اسلامی آن را «حقی» میداند که «باید وجود داشته باشد». به باور وی، کسانی که با حکومت اسلامی مخالفت میکنند «اشوبگرند»، «ضد رژیماند» و هیچ رژیمی ضد خودش را تحمل نمیکند.
آیتالله مصباح یزدی تصریح میکند که: «پس از تشکیل حکومت اسلامی صحبت از رفراندوم، رای اکثریت و این حرفها برای تغییر حکومت اسلامی نیست. چون وقتی حکومت حق و الهی تشکیل شد باید از آن دفاع کرد کار تا هر جا بکشد». به باور مصباح یزدی، برای حفظ حکومت کمیت ملاک نیست.